Коронавирус: выслеживание врага до его генов
banner
banner
banner
banner

Коронавирус: выслеживание врага до его генов

17
virus

как COVID – 19 во всем мире углубляется кризис, команда монреальских исследователей в области биоинформатики использует искусственный интеллект для отслеживания генетического профиля коронавируса, ответственного за пандемию.

«С момента своего появления в Китае вирус развился, и нам нужно понять его, чтобы разработать вакцину или методы лечения, разработанные для каждого пациента », – говорит исследователь Джули Хуссин, доцент медицинского факультета Университета Монреаля.

Работа в Монреальском институте сердца (MIH) с исследователем Жаном-Клодом Тардифом, который на этой неделе запустил Исследование ColCorona для тестирования препарата на 6, 000 Канадских пациентов с COVID – 19, Хусин и ее коллеги пытаются отследить вражеский вирус вплоть до его генов.

«Изобразите это как дерево: основание ствола – это первый вирус, переданный от летучих мышей людям, затем появилось много мутаций вверх по стволу». и во все ветви “, сказал Хуссин. «Мы постараемся дать наиболее точную картину вируса, используя РНК, собранную непосредственно у живых штаммов в разных частях света, особенно в Квебеке».

Опираясь на свой опыт в области популяционной генетики, статистической генетики и глубокого обучения, а также работая с связанным с UdeM институтом информатики Мила и молодым стартапом InVivo AI, команда Хуссина, проанализирует вирусные последовательности на разных этапах их эволюции. Они будут нацелены на индикаторы, связанные с географическими регионами, где пациенты дали положительный результат на COVID – 19.

“В частности, нас интересуют взаимодействия вирус-штамм вирусных штаммов, которые могут по-разному влиять на людей в зависимости от этнической принадлежности, пол, возраст, сопутствующие заболевания, прописанные лекарства и личный генетический профиль », – пишут исследователи в описании своего проекта. По их словам, такие знания необходимы для понимания того, как развивается эпидемия, и для разработки терапевтических решений

Компьютеры для биологии

Как следует из названия, биоинформатика стремится решать биологические проблемы с помощью компьютерных расчетов. Поскольку вирус является живым организмом, биоинформатики считают, что они могут сузить его генетическую структуру и различные мутации, используя мощные компьютеры. Результаты еще не получены, но вирус является предметом мирового внимания в тысячах специализированных лабораторий.

Чтобы подготовиться, лаборатория Хуссина сначала погрузилась в обширную научную литературу по COVID – 19, которая уже включает в себя десятки статьи, в которых 400 опубликовано о геноме коронавируса. «Многие китайские команды сосредоточились на этом коронавирусе и распространили свои результаты в рекордно короткие сроки», – пояснили они. «Это очень полезно для нас, но нам нужно начать исследования в более широком масштабе, поскольку эти исследования часто ограничиваются одной или двумя мутациями».

Увлекательный вирус

Этот новый коронавирус особенно интересен для исследователей из-за эффективности его способа распространения. В течение нескольких месяцев он распространился на многие страны и продолжает развиваться. Очень большое количество пар оснований, которые составляют его ДНК, уже мутировали. В ответ на процесс естественного отбора наиболее адаптированные мутации выживают и, в свою очередь, распространяются, что потенциально делает вирус еще более эффективным.

Этот процесс – именно то, что Хуссин сосредоточила в своих исследованиях с генетиками в UdeM. Она получила степень магистра с Дамианом Лабудой по процессам естественного отбора человеческих популяций и впоследствии специализировалась с Филиппом Авадаллой на других аспектах эволюции генома в отношении здоровья человека.


0
Article Tags:

Оставьте комментарий

Интересное на сайте